Danach begann er das Psychologiestudium an der Universität in Salzburg, was er jedoch ein 1 Jahr später abbrach.
Daraufhin arbeitete er 2 Jahre für den Seelsorgedienst im Ausland.
1980 trat er sein Medizinstudium an der Leopold-Franzens-Universität in Innsbruck an. Dieses schloss er 1988 mit der Promotion zum Doktor der gesamten Heilkunde ab.
Danach arbeitete er 4 Jahre in verschiedenen oberösterreichischen Krankhäusern um seine Turnusausbildung abzuschließen. Dies gelang ihm auch und so wurde er 1992 als praktizierender Arzt anerkannt.
Auf seine Facharztausbildung für Kinder- und Jugend-Heilkunde mit dem Zusatzfach Kinder- und Jugendneuropsychatrie folgt die Ausbildung zum Kinder-, Jugendlichen- und Elternberater sowie die aktive Mitarbeit bei der Kinderschutzgruppe der Landes-Frauen- und Nervenklinik, die er ab 2008 auch leitete.
Dr. Michael Merl beschäftigt sich nicht nur beruflich mit Kindern und Jugendlichen, sondern ist auch selbst stolzer Vater von sechs Kindern. Der Familienvater bleibt in Form, indem er regelmäßig seinen Hobbys Laufen, Wandern und Radfahren nachgeht.